Малая Базилика была построена во второй половине V века в честь Василиска, главного военачальника провинции Фракии. Василиск оставил след в истории в 471 году, когда он спас город от восставших готов. В 475 году он стал императором, но через полтора года его свергли и уничтожили все следы его существования, включая надписи на мозаике в базилике. Вскоре после этого церковь сгорела дотла. Деревянная крыша и плитка рухнули и заполнили внутреннюю часть базилики щебнем. В попытках восстановить церковь построили Малую Базилику — новая конструкция была возведена прямо над старой. Мозаики, к сожалению, восстановить не удалось. Ещё одна особенность бывшей базилики — баптистерий, в котором крестили не только детей, но и взрослых. Его центр — это бассейн в форме креста, построенного из мрамора, и обрамленного мозаиками античного Филиппополиса. Они сохранились почти полностью. На раскопанные части древней базилики теперь можно посмотреть прямо внутри нового здания, построенного в 2014-м году.
